La famiglia Colonna acquistò il feudo di Marino nel 1419.

All’epoca, Marino era un castello fortificato in modo piuttosto efficiente: nel 1348 aveva respinto l’assedio dell’esercito di Cola di Rienzo, e nel 1378 aveva resistito per quasi due mesi all’assedio dell’esercito di papa Urbano VI, guidato dal capitano di ventura Alberico da Barbiano. Nei decenni seguenti il castello venne più volte coinvolto nelle guerricciole tra i baroni romani, assumendo una certa importanza militare e strategica.

Al momento dell’ingresso dei Colonna a Marino, il sistema di fortificazioni di Marino era composto principalmente da due castelli: una “Rocca Vecchia” nell’area dell’attuale Piazza Giacomo Matteotti, la parte più alta della collina su cui sorge l’abitato, ed una “Rocca Nuova” nell’area dell’attuale Palazzo Colonna, a metà strada tra i due nuclei abitati del rione Santa Lucia e del rione Castelletto. Il castello aveva almeno due porte: una in direzione di Roma, e l’altra in direzione di Albano e Velletri, presso la “Rocca Vecchia”, che doveva trovarsi nei pressi dell’attuale Via Antonio Fratti. Nel corso del Trecento, i feudatari Orsini avevano ampliato le mura dell’abitato, creando l’area delle “Camere Nove” (Via Giacomo Carissimi), con una nuova porta, chiamata Giordana (dal nome di Giordano Orsini, ricorrente in quella famiglia). Sempre all’epoca degli Orsini va fatta risalire, probabilmente, la realizzazione della Torre d’Ammonte, nel vallone delle Pietrare.

Anche durante i primi decenni del dominio dei Colonna, Marino conservò il suo ruolo strategico e militare. Nel 1437, il feroce cardinale Giovanni Maria Vitelleschi, che aveva ricevuto da papa Eugenio IV l’ordine di sconfiggere i Colonna a tutti i costi, passò vicino Marino con il suo esercito, senza assaltarla, forse temendone le fortificazioni; si accanirà poi contro Palestrina, altro importante feudo dei Colonna, radendola furiosamente al suolo. Nel 1484, un altro esercito pontificio – per ordine di papa Sisto IV – si accampò nei pressi di Marino, senza assaltarla. Nel 1492, all’inizio delle guerre che segnarono gli anni di pontificato di papa Alessandro VI, suo figlio Cesare Borgia venne ospitato a Marino come ostaggio, a garanzia dell’incolumità del cardinale Pompeo Colonna, che era andato a trattare con il papa. Nel 1499, il castello di Marino venne distrutto dall’esercito francese di Luigi XII, in marcia verso Napoli, per ordine dello stesso papa Alessandro VI; nel 1526, il castello subirà una nuova distruzione, ad opera di truppe fedeli a papa Clemente VII, principalmente composte da velletrani (da qui una tradizionale rivalità tra i marinesi ed i velletrani).

Rispetto a quest’ultimo episodio, i Colonna avranno la loro vendetta nel 1527, quando arriveranno a Roma i lanzichenecchi del loro alleato Carlo V d’Asburgo, responsabili del famigerato Sacco di Roma.

È opinione comune che in occasione del passaggio a Marino dell’imperatore Carlo V, l’uomo sul cui impero non tramontava mai il sole, avvenuto nel 1532, l’allora signore di Marino, Ascanio Colonna, ritenne opportuno avviare la risistemazione urbanistica ed architettonica del castello di Marino, sconvolto dalle guerre dei decenni precedenti.

Per la ricostruzione della “Rocca Nuova” nelle forme di un palazzo nobiliare venne chiamato Antonio da Sangallo il Giovane.

I suoi progetti per il palazzo marinese sono conservati al Gabinetto dei Disegni e delle Stampe delle Gallerie degli Uffizi, a Firenze: egli immaginò un palazzo quadrato con agli angoli quattro bastioni. Per la facciata orientale (fronte Piazza Lepanto) si ispirò ad un altro edificio progettato da lui, Palazzo Farnese a Roma (l’attuale sede dell’ambasciata di Francia); per la facciata settentrionale, rivolta verso la “Strada Nova” (Via Roma), recuperò un altro suo progetto, quello per la facciata principale del Palazzo Farnese di Caprarola; per la facciata occidentale (Via di Palazzo Colonna), invece, immaginò un grande loggiato rivolto verso il bosco Ferentano.

Soltanto un quarto del progetto venne realizzato: l’unica facciata interamente realizzata è stata quella orientale, mentre la facciata settentrionale è rimasta a metà. Tra le due facciate è stato realizzato uno solo dei quattro bastioni angolari immaginati dal Sangallo. Sul lato occidentale, invece, al posto del magnifico loggiato, sono sopravvissute le antiche mura a scarpa della rocca trecentesca. Gli sforzi dei successori di Ascanio, Marcantonio – il vincitore di Lepanto – e suo nipote Filippo, di portare a termine l’opera saranno inutili.

Il palazzo è rimasto di proprietà privata della famiglia Colonna anche dopo l’eversione del feudo, fino al 1916, anno in cui venne ceduto al Comune di Marino, che vi trasferì la sede comunale.

Il 2 febbraio 1944 il palazzo venne quasi interamente raso al suolo nel corso del più importante bombardamento aereo anglo-americano su Marino. I lavori di ricostruzione sono terminati nel 1958: purtroppo, però, gran parte dei preziosi arredi degli ambienti interni sono andati perduti per sempre.